本書以深入淺出的方式，介紹酵素與微生物於各種天然物或非天然物之選擇性化學。也因生物有機化學橫跨生物學、生物化學、有機化學與生物技術等領域，故除了相關基礎合成化學的觀念建立外，也對生物學、微生物學及發酵與生物轉換作用予以基本的解說，強調跨領域學科的特色。
內容上儘量以研究過且工業上已有之應用實例做列舉的說明，以求能成為專業性學科的教材。於文字的敘述上，除專有的名詞、化學式與術語外，則力求平實口語化，以期能成為非專業人士於生物科技學上的導讀本。於此生物科技優越的二十一世紀，生物有機化學也特別著重製藥、醫藥等健康學上的應用。
第一章 微生物學簡介
第二章 胺基酸與蛋白質
第三章 酵素
第四章 輔酵素
第五章 酵素與微生物之生物轉換簡介
第六章 酵素結構特異性的選擇反應
第七章 酵素鏡像體特異性的選擇反應
第八章 酵素前掌性立體特異性的選擇性反應
第九章 酵素特異性的結合與多重酵素反應
第十章 分子辨識之藥物設計應用